一种石油污染土壤中饱和烃降解基因AlkB含量测定的方法

发布时间：2016年01月12日 分类：科技成果

摘要

本发明提供了一种石油污染土壤中饱和烃降解基因AlkB含量测定的方法，以石油污染土壤中含量最高的饱和烃为目标降解组分，采用非培养的分子生物学技术实时荧光定量PCR对饱和烃降解基因AlkB进行定量。方法主要包括土壤中DNA的提取，设计特异性扩增饱和烃降解基因的简并引物，确定PCR条件，制作荧光定量PCR标准曲线，样品测定。本发明所述方法是一种能够检测饱和烃生物降解活性的新型方法，同时能准确反映微生物的降解代谢途径和区域石油污染状况，在油田污染监测和治理方面有重要的应用价值。

主权项

1.一种石油污染土壤中饱和烃降解基因AlkB含量的测定方法，其特征在于步骤如下： 1)采集石油污染0～500px表层土壤进行-20℃保存，按照ZR Soil Microbe DNA MiniPrep^TM土壤DNA提取试剂盒步骤进行DNA提取。 2)引物设计遵循引物设计原则，从土壤中能降解石油烃的菌株序列中比对设计同源性较高的饱和烃降解基因扩增引物alkBf/alkBr，见下表。 3)将提取净化后的DNA经过PCR仪(Techne TC5000)进行AlkB降解基因特异性扩增，产物经过2.0％琼脂糖凝胶电泳检测是否是目的片段。 4)按照AxyPrep DNA凝胶回收试剂盒的操作步骤进行切胶回收目的基因，按照pEASY-T1Clonning Kit步骤将目的基因导入Trans-T1感受态细胞，培养后涂有20mg/ml X-gal和100mg/ml氨苄青霉素平板上进行蓝白斑阳性克隆子的筛选。 5)挑选白色菌落培养后的载体细胞经过Plasmid Mini Kit质粒提取试剂盒进行质粒的提取，对获得的质粒经过AlkB降解基因特异性PCR后上2％琼脂糖凝胶电泳检测，使用微量核酸蛋白质分析仪测定所提质粒的拷贝数。 6)将所提质粒中含有目的基因AlkB的DNA模板依次稀释10倍梯度进行荧光定量PCR(BioRad CFX96)完成外标曲线的建立，同时将不同的石油污染样品DNA进行荧光定量PCR，温度程序为：95℃保持5min；经过以下40个周期：变性温度为84℃，保持5s，退火温度50℃，保持60s，后经过72℃的延伸30s。熔解曲线温度：AlkB基因从50℃保持5s，然后逐渐升到95℃(增 量为0.5℃) 7)根据建得的外标曲线测定供试土样中饱和烃降解基因AlkB拷贝数，空白为不加DNA的阴性对照，做三个平行。 8)检测限为建立外标曲线时，荧光信号和稀释目标DNA浓度不成线性比例时，所得到对应目的基因拷贝数。 荧光定量PCR体系如下：